根據病原微生物選擇
由于各種微生物對消毒因子的抵抗力不同，所以要有針對性地選擇消毒方法。對于一般細菌繁殖體、親脂性病毒、螺旋體、 支原體、衣原體和立克次體等，可用煮沸消毒或低效消毒劑等常規消毒方法，如用潔爾滅、洗必泰等；對于結核桿菌、真菌等耐 受力較強的微生物，可選擇中效消毒劑與熱力消毒方法；對于污染抗力很強的細菌芽孢需采用熱力、輻射及高效消毒劑的方法，如 過氧化物類、醛類與環氧乙烷等。另外真菌孢子對紫外線抵抗力強；季銨鹽類對腸道病毒無效。
根據消毒對象選擇
同樣的消毒方法對不同性質的物品消毒效果往往不同。表中介紹了幾種方法對不同物品（物體）消毒的適用性。但所列出的 方法并不一定是最好的方法，在消毒時要根據具體情況靈活運用。例如物體表面可擦拭、噴霧，而觸及不到的表面可用熏蒸，小物體還可以浸泡。
在消毒時，還要注意保護被消毒物品，使其不受損害。如皮毛制品不耐高溫，對于食、餐具、茶具和飲水等不能使用有毒或 有異味的消毒劑消毒等。
根據消毒現場選擇
進行消毒的環境情況往往是復雜的，對消毒方法的選擇及效果的影響也是多樣的。如進行居室消毒，房屋密閉性好的，可以 選用熏蒸消毒；密閉性差的最好用液體消毒劑處理。對物品表面消毒時，耐腐蝕的物品用噴灑的方法好；怕腐蝕的物品要用無腐 蝕或低腐蝕的化學消毒劑擦拭的方法消毒。進行室內空氣消毒時，通風條件好的可以利用自然換氣法；若通風不好，污染空氣長 期滯留在建筑物內的，可以使用藥物熏蒸或氣溶膠噴灑等方法處理。又如對空氣的紫外線消毒，當室內有人時只能用反向照射法 （向上方照射），以免對人造成傷害。
選用消毒方法應考慮安全性，例如，在人群集中的地方，不宜使用具有毒性和刺激性的氣體消毒劑，在距火源（50 米以內） 的場所，不能使用大量環氧乙烷氣體消毒。
根據衛生防疫要求消毒
在發生傳染病的重點地區或患戶，要根據衛生防疫要求，選擇合適的消毒方法，加大消毒劑量和消毒頻次，以提高消毒質量 和效率。