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消毒方法（即殺滅或清除微生物的方法）有很多，一般可將之分為物理、化學與生物方法三種。

物理消毒法多利用加熱、過濾或各種輻射等處理。

一般說，其作用速度較快，不會留下殘余的有害物質。其中的熱處理與電離輻射 往往是滅菌的首選方法。

化學方法的使用，常涉及到藥物的毒性與腐蝕性，而且影響因素也較復雜，因此多在特別情況下使用。

生物法作用緩慢，效果有限，但費用較低，可用于廢物或排泄物等的消毒。